场景一：

都市一角，仓惶的脚步声打破深夜的寂静。拼命地奔跑着的男人因太过匆忙而跌倒，他惊恐地注视着眼前的女孩，不知何时出现女孩，昏暗的月光下看不清她的面容，男人从喉咙中发出野兽般的低吼。突然，他的脸裂开了，瞬间现出原形，原来在男人的脸孔下面竟然是一个恐怖的妖怪，可是直到这一转变发生的前一秒钟，它还是一个正常的人类。少女腾空跃起，脸上没有表现出丝毫的恐惧，一道耀眼的光芒自她的手臂射出，巨大的妖怪的身体瞬间破碎，而少女也在瞬间隐去身影，夜色下的城市再度恢复了它的寂静。

场景二：

浩瀚的宇宙空间中，一颗巨大的陨石滞留在月球背面，那是[克苏鲁]的宇宙方舟。

方舟里面的一个房间中，两名全裸的少女正依偎着彼此的胸膛，相互缠绵着。两名女性都有着少女的气质和美貌，但是名叫赫巴洛特的少女更为年长些。（应该是这个意思吧，原谅我无法收敛的YY吧）几度欢愉之后，两名少女快乐地交谈着……

在方舟的核心部分耸立着整个方舟的中枢主脑，这艘船是有灵魂的。在那中间站立着一个穿长袍的长者，他的名字是紫罗兰，是这艘方舟的船长。他给赫巴洛特下达了进攻地球的命令，并且派出妖怪军团去追杀阻碍他们的那个女孩——伊库莎One

伊库莎One一边不断与[克苏鲁]的怪物们战斗，一边寻找到了她的另一半——名叫加奈渚砂（另译佳奈渚）的人类女孩......

少女加奈渚砂原本是一名普通的高中生。有着平凡而幸福的家庭。但是[克苏鲁]派来的妖怪却让她的人生完全改变。仿佛噩梦般地开始，同学和家人竟然在她面前变成了妖怪，进入身体的妖怪的触手散发着恐慌和绝望的气息......

在千钧一发之际，伊库莎One将她救出困境，但是残酷的现实让渚砂陷入了恐慌，而拒绝向伊库莎One伸出援手。

加奈渚砂能否肩负起自己的使命？地球会不会就此毁灭？在宇宙中流浪的[克苏鲁]又是何方神圣？所有的谜团将被解开……